Buenos días, son dos operaciones distintas.
Por un lado, cuando canceles la hipoteca, lo único que podrá derivarse fiscalmente es poder deducirte, si la vivienda se beneficiaba de la deducción por vivienda habitual de hasta el máximo de 9.040 euros por cada titular de la hipoteca.
El segundo hecho es la venta. Da igual que hayas cancelado la hipoteca, o quede hipoteca pendiente, esa diferencia la marca el dinero que recibirás líquido, en este caso más porque has cancelado la misma. El precio de referencia en impuestos será el de venta (descontado gastos) que restado al de compra (en este caso sumado gasto) nos dará el beneficio que declararás en la liquidación del IRPF del 2018, el próximo año. Si no amortizas la hipoteca, la tributación será exactamente la misma, lo único que en el momento de la venta abonarás el capital de la hipoteca pendiente a tu banco.
Con respecto a la reinversión en vivienda habitual, puedes reinvertir las plusvalías de la venta, si existieran, tanto si amortizas la hipoteca como si no, en la compra de otra vivienda habitual y no tributar por la misma, lo único que como señala la Agencia Tributaria, si no has cancelado la hipoteca este importe será menor:
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Las ganancias patrimoniales obtenidas en la transmisión de la vivienda habitual del contribuyente pueden resultar exentas, cuando el importe total obtenido por la transmisión se reinvierta en la adquisición de otra vivienda habitual o en la rehabilitación de aquella que vaya a tener tal carácter .
Cuando para adquirir la vivienda habitual transmitida el contribuyente hubiera utilizado financiación ajena, se considerará como importe total obtenido en la transmisión, el valor de transmisión, en los términos previstos en la Ley del Impuesto, menos el principal del préstamo pendiente de amortizar"